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亚热带生态所开展“微生物16S高通量测序数据分析及作图培训”讲座

发布时间:2017-08-04 来源:亚热带生态所

  7月31日至8月2日,鉴于中国科学院亚热带农业生态研究所近年来对微生物的测序量大、研究生对测序数据的分析和信息挖掘不熟悉,造成微生物测序数据的发表相对滞后,应该所孔祥峰研究员和所青年创新促进会的邀请,南京农业大学消化道微生物研究团队的成艳芬副教授,到该所进行微生物16S高通量测序数据分析及作图培训。 

  成艳芬首先介绍了微生物菌群结构的分析方法以及Unix基础知识,之后讲解了Miseq数据质量控制与分析方法、序列OTUs聚类分析与注释,以及数据多样性分析(α,β)及差异比较分析,最后详细介绍了R/Rstudio可视化作图的方法与注意事项。会后,成艳芬耐心解答了参会人员在实际数据分析过程中所遇到的问题,并给予了指导性的建议。整个讲座内容与大部分科研人员的研究紧密衔接,实用性强,与会人员纷纷表示收获很大,希望以后开展更多类似的培训讲座。 

  据悉,成艳芬博士长期从事动物消化道微生物菌群结构及功能研究。2015-2016年赴美国俄勒冈州立大学微生物系学习消化道微生物生物信息学分析技术,熟练掌握R、Perl、Python、PHP等计算机脚本语言,熟悉消化道微生物高通量、宏基因组、宏转录组、基因组及转录组数据分析流程。目前负责南京农业大学动物科技学院及消化道微生物实验室服务器的运行与维护工作,并建立了完善的消化道微生物高通量数据分析平台。 


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